Schimmels
Door het gebruik van een variatie aan natuurlijke materialen in kikkerbakken is er geen ontkomen aan dat er verschillende soorten schimmels in de bak terecht komen. Mogelijk sterven vele soorten af in de omstandigheden waaronder wij de dieren houden, waardoor ze voor ons nooit zichtbaar worden. Toch zijn er ook schimmels die voor het blote oog gemakkelijk zichtbaar worden doordat ze vruchtlichamen (paddenstoelen) gaan vormen. Meestal gebeurt dit in recent opgezette bakken waarin gedroogde inrichtingsmaterialen water opnemen. Door de toename van vocht in deze materialen ontstaat er vaak gedurende enige tijd een optimale situatie voor de schimmels om te groeien en vruchtlichamen te vormen. Toch gebeurt het zelden dat de vruchtlichamen na de eerste keer nog vaker terugkomen. Mogelijk raken de materialen dusdanig verzadigd met water dat zich geen optimale situatie meer voordoet. Het is dus vooral een fenomeen dat zich voordoet bij recent ingerichte bakken. Het komt dus ook zeer vaak voor bij beginners die net hun eerste kikkerbak hebben ingericht, soms met enige zorgen tot gevolg. Voor kikkers en eventuele andere bewoners kunnen de schimmels echter geen enkel kwaad. De meeste hobbyisten genieten zelfs van de vaak zeer mooie vruchtlichamen die zich in de bak vormen. Doordat veel materialen van verschillende plaatsen in de wereld afkomstig zijn, is het elke keer weer een verrassing wat voor in- of uitheemse vruchtlichamen er tevoorschijn zullen komen. Helaas zijn veel mooie vruchtlichamen slechts korte tijd zichtbaar omdat ze snel afsterven. Toch komen er soms ook stevige houtachtige vruchtlichamen tevoorschijn die soms weken lang mooi blijven en na vele maanden nog zichtbaar zijn. Eveneens slechts korte tijd zichtbaar zijn de mooie structuren van slijmzwammen (dit zijn overigens geen echte schimmels) die geregeld in zowel water als op het land kunnen voorkomen. Ook deze kunnen geen enkel kwaad en vormen gedurende korte tijd een fotogeniek element in de bak waar menig hobbyist door gefascineerd raakt.
Toch is het niet alleen maar plezier met schimmels in kikkerbakken. Zo zijn er schimmels die een grijze poederachtige laag vormen over het landgedeelte, en zelfs het water volledig kunnen bedekken met deze laag. Ook ontstaan er geregeld netwerken van schimmeldraden tussen mos en andere kleine planten, die soms deze planten volledig laten afsterven. In beide gevallen ziet het er niet zo mooi uit en kan het zelfs als zeer storend ervaren worden. Veel van deze lastige schimmels verdwijnen op den duur weer, maar dat is tot ergernis van veel hobbyisten niet altijd het geval. Helaas blijft het lastig dergelijke schimmels te bestrijden. Met plotseling opduikende vruchtlichamen zijn slechts zeer incidentele slechte ervaringen. Bij hen kwam dit doordat de vruchten zeer explosief sporen produceerden die de gehele bak van een coating voorzagen.